Der Austauschdienst der Hochschulen wurde erstmals 1925 auf der Grundlage akademischer Eigeninitiative errichtet, 1945 aufgelöst und im Jahr 1950 als eingetragener Verein privaten Rechts wieder gegründet. Seine ordentlichen Mitglieder sind – auf Antrag – die Hochschulen, die in der Hochschulrektorenkonferenz (HRK) vertreten sind, sowie die Studierendenschaften dieser Hochschulen. Zum Jahresende 2003 gehörten dem DAAD insgesamt 231 Hochschulen und 126 Studierendenschaften verschiedener Hochschularten an. Eine Mitgliedschaft ist dabei nicht Voraussetzung für die Beteiligung an DAAD-Programmen; sie öffnet den Hochschulen aber wesentliche Einflussmöglichkeiten auf die Leitung und Verfassung des DAAD (Wahl der Organe, Satzungsbeschlüsse) und auf die Grundlinien der Programmgestaltung. Sie ist zugleich Ausdruck für den Charakter des DAAD als einer wissenschaftlichen Selbstverwaltungsorganisation. Diesem Anspruch entspricht die innere Verfassung des Vereins, insbesondere die akademisch geprägte Zusammensetzung der Organe (vgl. Organigramm und Satzung des DAAD).

Zum Selbstverwaltungscharakter des DAAD gehört auch, dass die Entscheidungen über die Vergabe von Stipendien von unabhängigen akademischen Auswahlkommissionen getroffen werden. Vorrangiges Kriterium ist dabei die wissenschaftliche Qualifikation der Bewerber und die Qualität des Projekts. Die über 600 ehrenamtlich tätigen Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer in den Auswahlkommissionen werden ohne staatliche Einflussnahme vom Vorstand des DAAD für vier Jahre berufen. Es besteht die Möglichkeit einer einmaligen Wiederberufung.